Deep DNA sequencing of MGMT, TP53 and AGT in Mexican astrocytoma patients identifies an excess of genetic variants in women and a predictive biomarker
Por:
Carlos-Escalante J.A., Mejía-Pérez S.I., Soto-Reyes E., Guerra-Calderas L., Cacho-Díaz B., Torres-Arciga K., Montalvo-Casimiro M., González-Barrios R., Reynoso-Noverón N., Ruiz-de la Cruz M., Díaz-Velásquez C.E., Vidal-Millán S., Álvarez-Gómez R.M., Sánchez-Correa T.E., Pech-Cervantes C.H., Soria-Lucio J.A., Pérez-Castillo A., Salazar A.M., Arriaga-Canon C., Vaca-Paniagua F., González-Arenas A., Ostrosky-Wegman P., Mohar-Betancourt A., Herrera L.A., Corona T., Wegman-Ostrosky T.
Publicada:
1 ene 2023
Resumen:
Purpose: Astrocytomas are a type of malignant brain tumor with an unfavorable clinical course. The impact of AGT and MGMT somatic variants in the prognosis of astrocytoma is unknown, and it is controversial for TP53. Moreover, there is a lack of knowledge regarding the molecular characteristics of astrocytomas in Mexican patients. Methods: We studied 48 Mexican patients, men and women, with astrocytoma (discovery cohort). We performed DNA deep sequencing in tumor samples, targeting AGT, MGMT and TP53, and we studied MGMT gene promoter methylation status. Then we compared our findings to a cohort which included data from patients with astrocytoma from The Cancer Genome Atlas (validation cohort). Results: In the discovery cohort, we found a higher number of somatic variants in AGT and MGMT than in the validation cohort (10.4% vs < 1%, p < 0.001), and, in both cohorts, we observed only women carried variants AGT variants. We also found that the presence of either MGMT variant or promoter methylation was associated to better survival and response to chemotherapy, and, in conjunction with TP53 variants, to progression-free survival. Conclusions: The occurrence of AGT variants only in women expands our knowledge about the molecular differences in astrocytoma between men and women. The increased prevalence of AGT and MGMT variants in the discovery cohort also points towards possible distinctions in the molecular landscape of astrocytoma among populations. Our findings warrant further study. © 2022, The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature.
Filiaciones:
Carlos-Escalante J.A.:
PECEM (MD/PhD), Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Mejía-Pérez S.I.:
Departamento de Enseñanza, Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía “Manuel Velasco Suárez”, Mexico City, 14269, Mexico
Soto-Reyes E.:
Departamento de Ciencias Naturales, Universidad Autónoma Metropolitana-Cuajimalpa, Mexico City, 05370, Mexico
Guerra-Calderas L.:
Departamento de Ciencias Naturales, Universidad Autónoma Metropolitana-Cuajimalpa, Mexico City, 05370, Mexico
Cacho-Díaz B.:
Unidad de Neuro-Oncología, Instituto Nacional de Cancerología, Mexico City, 14080, Mexico
Torres-Arciga K.:
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto Nacional de Cancerología-Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM, Mexico City, 14080, Mexico
Montalvo-Casimiro M.:
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto Nacional de Cancerología-Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM, Mexico City, 14080, Mexico
González-Barrios R.:
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto Nacional de Cancerología-Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM, Mexico City, 14080, Mexico
Reynoso-Noverón N.:
Dirección de Investigación, Instituto Nacional de Cancerología, Mexico City, 14080, Mexico
Ruiz-de la Cruz M.:
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, 54090, Mexico
Departamento de Infectómica y Patogénsis Molecular, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional (CINVESTAV-IPN), Mexico City, 07360, Mexico
Díaz-Velásquez C.E.:
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, 54090, Mexico
Laboratorio Nacional en Salud: Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, 54090, Mexico
Vidal-Millán S.:
Clínica de Cáncer Hereditario, Instituto Nacional de Cancerología, Mexico City, 14080, Mexico
Álvarez-Gómez R.M.:
Clínica de Cáncer Hereditario, Instituto Nacional de Cancerología, Mexico City, 14080, Mexico
Sánchez-Correa T.E.:
Departamento de Neurocirugía, Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía “Manuel Velasco Suarez”, Mexico City, 14269, Mexico
Pech-Cervantes C.H.:
Departamento de Neurocirugía, Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía “Manuel Velasco Suarez”, Mexico City, 14269, Mexico
Soria-Lucio J.A.:
Departamento de Traumatología y Ortopedia, Hospital General Regional #2, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, 14310, Mexico
Pérez-Castillo A.:
Departamento de Cirugía, Hospital General Regional #1, Instituto Mexicano del Seguro Social, Charo, 61303, Mexico
Salazar A.M.:
Departamento de Medicina Genómica y Toxicología Ambiental, Instituto de Investigaciones Biomédicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Arriaga-Canon C.:
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto Nacional de Cancerología-Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM, Mexico City, 14080, Mexico
Vaca-Paniagua F.:
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, 54090, Mexico
Subdirección de Investigación Básica, Instituto Nacional de Cancerología, Mexico City, 14080, Mexico
Laboratorio Nacional en Salud: Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, 54090, Mexico
González-Arenas A.:
Departamento de Medicina Genómica y Toxicología Ambiental, Instituto de Investigaciones Biomédicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Ostrosky-Wegman P.:
Departamento de Medicina Genómica y Toxicología Ambiental, Instituto de Investigaciones Biomédicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Mohar-Betancourt A.:
Unidad de Epidemiología e Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM-INCAN, Mexico City, 14080, Mexico
Herrera L.A.:
Dirección General, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, 14610, Mexico
Corona T.:
Laboratorio Clínico de Enfermedades Neurodegenerativas, Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía, “Manuel Velasco Suárez”, Mexico City, 14269, Mexico
División de Estudios de Posgrado, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Wegman-Ostrosky T.:
Subdirección de Investigación Básica, Instituto Nacional de Cancerología, Mexico City, 14080, Mexico
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