Underexpression of LINC00173 in TCF3/PBX1-Positive Cases Is Associated With Poor Prognosis in Children With B-Cell Precursor Acute Lymphoblastic Leukemia
Por:
May-Hau D.I., Bárcenas-López D.A., Núñez-Enríquez J.C., Bekker-Méndez V.C., Beltrán-Anaya F.O., Jiménez-Hernández E., Ortíz-Maganda M.P., Guerra-Castillo F.X., Medina-Sanson A., Flores-Lujano J., Martín-Trejo J.A., Peñaloza-González J.G., Velázquez-Aviña M.M., Torres-Nava J.R., Hernández-Echáurregui G.A., Espinosa-Elizondo R.M., Gutiérrez-Rivera M.D.L., Sanchez-Hernandez R., Pérez-Saldívar M.L., Flores-Villegas L.V., Merino-Pasaye L.E., Duarte-Rodríguez D.A., Mata-Rocha M., Sepúlveda-Robles O.A., Rosas-Vargas H., Hidalgo-Miranda A., Mejía-Aranguré J.M., Jiménez-Morales S.
Publicada:
1 ene 2022
Resumen:
Background: B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (BCP-ALL) is the most frequent pediatric cancer worldwide. Despite improvements in treatment regimens, approximately 20% of the cases cannot be cured, highlighting the necessity for identifying new biomarkers to improve the current clinical and molecular risk stratification schemes. We aimed to investigate whether LINC00173 is a biomarker in ALL and to explore its expression level in other human cancer types. Methods: A nested case–control study including Mexican children with BCP-ALL was conducted. LINC00173 expression was evaluated by qRT-PCR using hydrolysis probes. To validate our findings, RNA-seq expression data from BCP-ALL and normal tissues were retrieved from Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) and Genotype-Tissue Expression (GTEx) repositories, respectively. LINC00173 expression was also evaluated in solid tumors by downloading available data from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Results: A lower expression of LINC00173 in BCP-ALL cases compared to normal subjects was observed (p < 0.05). ALL patients who carry the TCF3/PBX1 fusion gene displayed lower expression of LINC00173 in contrast to other BCP-ALL molecular subtypes (p < 0.04). LINC00173 underexpression was associated with a high risk to relapse (HR = 1.946, 95% CI = 1.213–3.120) and die (HR = 2.073, 95% CI = 1.211–3.547). Patients with TCF3/PBX1 and underexpression of LINC00173 had the worst prognosis (DFS: HR = 12.24, 95% CI = 5.04–29.71; OS: HR = 11.19, 95% CI = 26–32). TCGA data analysis revealed that underexpression of LINC00173 is also associated with poor clinical outcomes in six new reported tumor types. Conclusion: Our findings suggest that LINC00173 is a biomarker of poor prognosis in BCP-ALL and other types of cancer. We observed an association between the expression of LINC00173 and TCF3/PBX1 and the risk to relapse and die in BCP-ALL, which is worse in TCF3/PBX1-positive cases displaying underexpression of LINC00173. Experimental studies are needed to provide insight into the LINC00173 and TCF3/PBX relationship. Copyright © 2022 May-Hau, Bárcenas-López, Núñez-Enríquez, Bekker-Méndez, Beltrán-Anaya, Jiménez-Hernández, Ortíz-Maganda, Guerra-Castillo, Medina-Sanson, Flores-Lujano, Martín-Trejo, Peñaloza-González, Velázquez-Aviña, Torres-Nava, Hernández-Echáurregui, Espinosa-Elizondo, Gutiérrez-Rivera, Sanchez-Hernandez, Pérez-Saldívar, Flores-Villegas, Merino-Pasaye, Duarte-Rodríguez, Mata-Rocha, Sepúlveda-Robles, Rosas-Vargas, Hidalgo-Miranda, Mejía-Aranguré and Jiménez-Morales.
Filiaciones:
May-Hau D.I.:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City, Mexico
Programa de Maestría en Investigación Clínica Experimental en Salud, Universidad Nacional Autónoma de Mexico, México City, Mexico
Bárcenas-López D.A.:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City, Mexico
Programa de Doctorado, Posgrado en Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, Mexico
Núñez-Enríquez J.C.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Bekker-Méndez V.C.:
Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología “Dr, Daniel Méndez Hernández”, Centro Médico Nacional “La Raza”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Beltrán-Anaya F.O.:
Laboratorio de Epidemiología Clínica y Molecular, Facultad de Ciencias Químico Biológicas, Universidad Autónoma de Guerrero, Chilpancingo, Mexico
Jiménez-Hernández E.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General “Gaudencio González Garza”, Centro Médico Nacional “La Raza”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Ortíz-Maganda M.P.:
Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología “Dr, Daniel Méndez Hernández”, Centro Médico Nacional “La Raza”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Guerra-Castillo F.X.:
Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología “Dr, Daniel Méndez Hernández”, Centro Médico Nacional “La Raza”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Medina-Sanson A.:
Departamento de Hemato-Oncología, Hospital Infantil de México Federico Gómez, Mexico City, Mexico
Flores-Lujano J.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Martín-Trejo J.A.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Peñaloza-González J.G.:
Servicio de Onco-Pediatria, Hospital Juárez de México, Mexico City, Mexico
Velázquez-Aviña M.M.:
Servicio de Onco-Pediatria, Hospital Juárez de México, Mexico City, Mexico
Torres-Nava J.R.:
Servicio de Oncología, Hospital Pediatrico de Moctezuma, Secretaria de Salud de la Ciudad de Mexico, Mexico City, Mexico
Hernández-Echáurregui G.A.:
Servicio de Oncología, Hospital Pediatrico de Moctezuma, Secretaria de Salud de la Ciudad de Mexico, Mexico City, Mexico
Espinosa-Elizondo R.M.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General de México, Mexico City, Mexico
Gutiérrez-Rivera M.D.L.:
Servicio de Oncología Pediátrica, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Sanchez-Hernandez R.:
Servicio de Oncología Pediátrica, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Pérez-Saldívar M.L.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Flores-Villegas L.V.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado, Mexico City, Mexico
Merino-Pasaye L.E.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado, Mexico City, Mexico
Duarte-Rodríguez D.A.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Mata-Rocha M.:
Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Sepúlveda-Robles O.A.:
Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Rosas-Vargas H.:
Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico
Hidalgo-Miranda A.:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City, Mexico
Mejía-Aranguré J.M.:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City, Mexico
Medicine Faculty, Universidad Autónoma de México, Mexico City, Mexico
Jiménez-Morales S.:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City, Mexico
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