Comprehensive genomic profile of heterogeneous long follow-up triple-negative breast cancer and its clinical characteristics shows DNA repair deficiency has better prognostic
Por:
Rojas-Jiménez E., Mejía-Gómez J.C., Díaz-Velásquez C., Quezada-Urban R., Gregorio H.M., Vallejo-Lecuona F., de la Cruz-Montoya A., Reyes F.I.P., Pérez-Sánchez V.M., Maldonado-Martínez H.A., Robles-Estrada M., Bargalló-Rocha E., Cabrera-Galeana P., Ramos-Ramírez M., Chirino Y.I., Herrera L.A., Terrazas L.I., Oliver J., Frecha C., Perdomo S., Vaca-Paniagua F.
Publicada:
1 ene 2020
Resumen:
Triple-negative breast cancer (TNBC) presents a marked diversity at the molecular level, which promotes a clinical heterogeneity that further complicates treatment. We performed a detailed whole exome sequencing profile of 29 Mexican patients with long follow-up TNBC to identify genomic alterations associated with overall survival (OS), disease-free survival (DFS), and pathologic complete response (PCR), with the aim to define their role as molecular predictive factors of treatment response and prognosis. We detected 31 driver genes with pathogenic mutations in TP53 (53%), BRCA1/2 (27%), CDKN1B (9%), PIK3CA (9%), and PTEN (9%), and 16 operative mutational signatures. Moreover, tumors with mutations in BRCA1/2 showed a trend of sensitivity to platinum salts. We found an association between deficiency in DNA repair and surveillance genes and DFS. Across all analyzed tumors we consistently found a heterogeneous molecular complexity in terms of allelic composition and operative mutational processes, which hampered the definition of molecular traits with clinical utility. This work contributes to the elucidation of the global molecular alterations of TNBC by providing accurate genomic data that may help forthcoming studies to improve treatment and survival. This is the first study that integrates genomic alterations with a long follow-up of clinical variables in a Latin American population that is an underrepresented ethnicity in most of the genomic studies. © 2020 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.
Filiaciones:
Rojas-Jiménez E.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Mejía-Gómez J.C.:
Division of Breast Cancer, Department of Medical Oncology, Mt. Sinai Hospital, University of Toronto, Toronto, ON M5G 1X5, Canada
Díaz-Velásquez C.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Quezada-Urban R.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Sir Peter MacCallum Department of Oncology, University of Melbourne, Melbourne, VIC 3000, Australia
Cancer Research Division, Peter MacCallum Cancer Centre, Melbourne, VIC 3000, Australia
Gregorio H.M.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Vallejo-Lecuona F.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
de la Cruz-Montoya A.:
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Reyes F.I.P.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Pérez-Sánchez V.M.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Maldonado-Martínez H.A.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Robles-Estrada M.:
Hospital General de Pachuca SSA, Pachuca, 42070, Mexico
Bargalló-Rocha E.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Cabrera-Galeana P.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Ramos-Ramírez M.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Chirino Y.I.:
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Herrera L.A.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Instituto Nacional de Medicina Genómica, CDMX, 14610, Mexico
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto de Investigaciones Biomédicas-Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Terrazas L.I.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Oliver J.:
Medical Oncology Service, Hospitales Universitarios Regional y Virgen de la Victoria, Institute of Biomedical Research in Malaga, CIMES, University of Málaga, Málaga, 29010, Spain
Frecha C.:
Unidad de Producción Celular del Hospital Regional Universitario de Málaga—IBIMA—Málaga, Málaga, 29010, Spain
Perdomo S.:
Instituto de Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogotá, 110121, Colombia
International Agency for Research on Cancer, World Health Organization, Lyon, 69008, France
Vaca-Paniagua F.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
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