Transcriptome analysis identifies LINC00152 as a biomarker of early relapse and mortality in acute lymphoblastic leukemia
Por:
Bárcenas-López D.A., Núñez-Enríquez J.C., Hidalgo-Miranda, Alfredo, Beltrán-Anaya F.O., May-Hau D.I., Jimenez-Hernandez, Elva, Bekker-Méndez V.C., Flores-Lujano, Janet, Medina-Sanson, Aurora, Tamez-Gómez E.L., López-García V.H., Lara-Ramos J.R., Núñez-Villegas N.N., Peñaloza-González J.G., Flores-Villegas L.V., Amador-Sanchez, Raquel, Espinosa-Elizondo R.M., Martín-Trejo J.A., Velázquez-Aviña M.M., Merino-Pasaye L.E., Pérez-Saldívar M.L., Duarte-Rodríguez D.A., Torres-Nava J.R., Cortes-Herrera, Beatriz, Solís-Labastida K.A., González-ávila A.I., Santillán-Juárez J.D., García-Velázquez A.J., Rosas-Vargas, Haydee, Mata-Rocha, Minerva, Sepúlveda-Robles O.A., Mejía-Aranguré J.M., Jimenez-Morales, Silvia
Publicada:
1 ene 2020
Resumen:
Evidence showing the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in leukemogenesis have emerged in the last decade. It has been proposed that these genes can be used as diagnosis and/or prognosis biomarkers in childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL). To know if lncRNAs are associated with early relapse and early mortality, a microarray-based gene expression analysis in children with B-lineage ALL (B-ALL) was conducted. Cox regression analyses were performed. Hazard ratios (HR) and 95% confidence intervals (95% CI) were calculated. LINC00152 and LINC01013 were among the most differentially expressed genes in patients with early relapse and early mortality. For LINC00152 high expression, the risks of relapse and death were HR: 4.16 (95% CI: 1.46–11.86) and HR: 1.99 (95% CI: 0.66–6.02), respectively; for LINC01013 low expression, the risks of relapse and death were HR: 3.03 (95% CI: 1.14–8.05) and HR: 6.87 (95% CI: 1.50–31.48), respectively. These results were adjusted by NCI risk criteria and chemotherapy regimen. The lncRNA–mRNA co-expression analysis showed that LINC00152 potentially regulates genes involved in cell substrate adhesion and peptidyl–tyrosine autophosphorylation biological processes. The results of the present study point out that LINC00152 could be a potential biomarker of relapse in children with B-ALL. © 2020 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.
Filiaciones:
Bárcenas-López D.A.:
Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Núñez-Enríquez J.C.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, 06720, Mexico
Hidalgo-Miranda, Alfredo:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, 14610, Mexico
Inst Nacl Med Genom INMEGEN, Lab Genom Canc, Mexico City 14610, DF, Mexico
Beltrán-Anaya F.O.:
Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
May-Hau D.I.:
Investigación Clínica Experimental en Salud, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City, 04510, Mexico
Jimenez-Hernandez, Elva:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General “Gaudencio González Garza”, Centro Médico Nacional "La Raza", IMSS, Mexico City, 02990, Mexico
Hosp Gen Gaudencio Gonzalez Garza, Ctr Med Nacl La Raza, Serv Hematol Pediat, IMSS, Mexico City 02990, DF, Mexico
Bekker-Méndez V.C.:
Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología "Dr. Daniel Méndez Hernández", Centro Médico Nacional "La Raza", IMSS, Mexico City, 02990, Mexico
Flores-Lujano, Janet:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, 06720, Mexico
UMAE Hosp Pediat Dr Silvestre Frenk Freund, Inst Mexicano Seguro Social, Unidad Invest Med Epidemiol Clin, Ctr Med Nacl Siglo XXI, Mexico City 06720, DF, Mexico
Medina-Sanson, Aurora:
Servicio de Hemato-Oncologia, Hospital Infantil de México Federico Gómez, Secretaria de Salud (SS), Mexico City, 06720, Mexico
Secretaria Salud SS, Serv Hematooncol, Hosp Infantil Mexico Federico Gomez, Mexico City 06720, DF, Mexico
Tamez-Gómez E.L.:
Servicio de Hemato-Oncología, Hospital Infantil de Tamaulipas, Secretaría de Salud (SS), Cd. Victoria, Tamaulipas 87070, Mexico
López-García V.H.:
Servicio de Ortopedia Pediátrica, Hospital Infantil de Tamaulipas, Secretaría de Salud (SS), Cd. Victoria, Tamaulipas 87070, Mexico
Lara-Ramos J.R.:
Departamento de Genética, Hospital Infantil de Tamaulipas, Secretaría de Salud (SS), Cd. Victoria, Tamaulipas 87070, Mexico
Núñez-Villegas N.N.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General “Gaudencio González Garza”, Centro Médico Nacional "La Raza", IMSS, Mexico City, 02990, Mexico
Peñaloza-González J.G.:
Servicio de Onco-Pediatría, Hospital Juárez de México, Secretaría de Salud (SS), Mexico City, 07760, Mexico
Flores-Villegas L.V.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE), Mexico City, 03100, Mexico
Amador-Sanchez, Raquel:
Hospital General Regional 1, “Dr. Carlos McGregor Sánchez Navarro”, IMSS, Mexico City, 03103, Mexico
Hosp Gen Reg 1 Dr Carlos McGregor Sanchez Navarro, IMSS, Mexico City 03103, DF, Mexico
Espinosa-Elizondo R.M.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General de México “Dr. Eduardo Liceaga”, Secretaría de Salud (SS), Mexico City, 06720, Mexico
Martín-Trejo J.A.:
Servicio de Hematología Pediátrica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City, 06720, Mexico
Velázquez-Aviña M.M.:
Servicio de Onco-Pediatría, Hospital Juárez de México, Secretaría de Salud (SS), Mexico City, 07760, Mexico
Merino-Pasaye L.E.:
Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE), Mexico City, 03100, Mexico
Pérez-Saldívar M.L.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, 06720, Mexico
Duarte-Rodríguez D.A.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, 06720, Mexico
Torres-Nava J.R.:
Servicio de Oncología, Hospital Pediátrico de Moctezuma, Secretaria de Salud del D.F, Mexico City, 15530, Mexico
Cortes-Herrera, Beatriz:
Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General de México “Dr. Eduardo Liceaga”, Secretaría de Salud (SS), Mexico City, 06720, Mexico
Secretaria Salud SS, Hosp Gen Mexico Dr Eduardo Liceaga, Serv Hematol Pediat, Mexico City 06720, DF, Mexico
Solís-Labastida K.A.:
Servicio de Hematología Pediátrica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr, Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City, 06720, Mexico
González-ávila A.I.:
Hospital General Regional 1, “Dr. Carlos McGregor Sánchez Navarro”, IMSS, Mexico City, 03103, Mexico
Santillán-Juárez J.D.:
Servicio de Hemato-Oncología Pediátrica, Hospital Regional No. 1 de Octubre, ISSSTE, Mexico City, 07300, Mexico
García-Velázquez A.J.:
Servicio de Hemato-Oncología Pediátrica, Hospital Regional No. 1 de Octubre, ISSSTE, Mexico City, 07300, Mexico
Rosas-Vargas, Haydee:
Unidad de Investigación en Genética Humana, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City, 06720, Mexico
UMAE Hosp Pediat Dr Silvestre Frenk Freund, IMSS, Unidad Invest Genet Humana, Ctr Med Nacl Siglo XXI, Mexico City 06720, DF, Mexico
Mata-Rocha, Minerva:
Unidad de Investigación en Genética Humana, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City, 06720, Mexico
UMAE Hosp Pediat Dr Silvestre Frenk Freund, IMSS, Unidad Invest Genet Humana, Ctr Med Nacl Siglo XXI, Mexico City 06720, DF, Mexico
Sepúlveda-Robles O.A.:
Unidad de Investigación en Genética Humana, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City, 06720, Mexico
Mejía-Aranguré J.M.:
Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, 06720, Mexico
Coordinación de Investigación en Salud, IMSS, Mexico City, 06720, Mexico
Jimenez-Morales, Silvia:
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, 14610, Mexico
Inst Nacl Med Genom INMEGEN, Lab Genom Canc, Mexico City 14610, DF, Mexico
Univ Nacl Autonoma Mexico, Posgrad Ciencias Biol, Programa Doctorado, Mexico City 04510, DF, Mexico
Univ Nacl Autonoma Mexico, Programa Doctorado Ciencias Biomed, Mexico City 04510, DF, Mexico
Univ Nacl Autonoma Mexico, Programa Maestria Invest Clin Expt Salud, Mexico City 04510, DF, Mexico
Hosp Infectol Dr Daniel Mendez Hernandez, Ctr Med Nacl La Raza, IMSS, Unidad Invest Med Inmunol & Infectol, Mexico City 02990, DF, Mexico
Secretaria Salud SS, Serv Hematooncol, Hosp Infantil Tamaulipas, Cd Victoria Tamaulipas 87070, Mexico
Secretaria Salud SS, Serv Ortopedia Pediat, Hosp Infantil Tamaulipas, Cd Victoria Tamaulipas 87070, Mexico
Secretaria Salud SS, Dept Genet, Hosp Infantil Tamaulipas, Cd Victoria Tamaulipas 87070, Mexico
Secretaria Salud SS, Serv Oncopediat, Hosp Juarez Mexico, Mexico City 07760, DF, Mexico
ISSSTE, Serv Hematol Pediat, Ctr Med Nacl 20 Noviembre, Mexico City 03100, DF, Mexico
UMAE Hosp Pediat Dr Silvestre Frenk Freund, IMSS, Serv Hematol Pediat, Ctr Med Nacl Siglo XXI, Mexico City 06720, DF, Mexico
Secretaria Salud DF, Serv Oncol, Hosp Pediat Moctezuma, Mexico City 15530, DF, Mexico
Hosp Reg 1 Octubre, Serv Hematooncol Pediat, ISSSTE, Mexico City 07300, DF, Mexico
IMSS, Coordinac Invest Salud, Mexico City 06720, DF, Mexico
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