Latin American Study of Hereditary Breast and Ovarian Cancer LACAM: A Genomic Epidemiology Approach
Por:
Oliver, Javier, Quezada Urban, Rosalia, Franco Cortes, Claudia Alejandra, Diaz Velasquez, Clara Estela, Montealegre Paez, Ana Lorena, Pacheco-Orozco R.A., Castro Rojas, Carlos, Garcia-Robles, Reggie, Lopez Rivera, Juan Javier, Gaitan Chaparro, Sandra, Gómez A.M., Suarez Obando, Fernando, Giraldo, Gustavo, Maya M.I., Hurtado-Villa, Paula, Sanchez A.I., Serrano, Norma, Orduz Galvis, Ana Isabel, Aruachan, Sandra, Nuñez Castillo J., Frecha, Cecilia, Riggi, Cecilia, Jauk, Federico, Gomez Garcia, Eva Maria, Carranza C.L., Zamora, Vanessa, Torres Mejia, Gabriela, Romieu, Isabelle, Castañeda C.A., Castillo, Miluska, Gitler, Rina, Antoniano, Adriana, Rojas Jimenez, Ernesto, Romero Cruz, Luis Enrique, Vallejo Lecuona, Fernando, Delgado Enciso, Ivan, Martinez Rizo, Abril Bernardette, Flores Carranza, Alejandro, Benites Godinez, Veronica, Mendez Catala, Claudia Fabiola, Herrera L.A., Chirino Y.I., Terrazas L.I., Perdomo, Sandra, Vaca Paniagua, Felipe, LACAM Study
Publicada:
1 ene 2019
Resumen:
Purpose: Hereditary Breast and Ovarian Cancer (HBOC) syndrome is responsible for ~5–10% of all diagnosed breast and ovarian cancers. Breast cancer is the most common malignancy and the leading cause of cancer-related mortality among women in Latin America (LA). The main objective of this study was to develop a comprehensive understanding of the genomic epidemiology of HBOC throughout the establishment of The Latin American consortium for HBOC-LACAM, consisting of specialists from 5 countries in LA and the description of the genomic results from the first phase of the study. Methods: We have recruited 403 individuals that fulfilled the criteria for HBOC from 11 health institutions of Argentina, Colombia, Guatemala, Mexico and Peru. A pilot cohort of 222 individuals was analyzed by NGS gene panels. One hundred forty-three genes were selected on the basis of their putative role in susceptibility to different hereditary cancers. Libraries were sequenced in MiSeq (Illumina, Inc.) and PGM (Ion Torrent-Thermo Fisher Scientific) platforms. Results: The overall prevalence of pathogenic variants was 17% (38/222); the distribution spanned 14 genes and varied by country. The highest relative prevalence of pathogenic variants was found in patients from Argentina (25%, 14/57), followed by Mexico (18%, 12/68), Guatemala (16%, 3/19), and Colombia (13%, 10/78). Pathogenic variants were found in BRCA1 (20%) and BRCA2 (29%) genes. Pathogenic variants were found in other 12 genes, including high and moderate risk genes such as MSH2, MSH6, MUTYH, and PALB2. Additional pathogenic variants were found in HBOC unrelated genes such as DCLRE1C, WRN, PDE11A, and PDGFB. Conclusion: In this first phase of the project, we recruited 403 individuals and evaluated the germline genetic alterations in an initial cohort of 222 patients among 4 countries. Our data show for the first time in LA the distribution of pathogenic variants in a broad set of cancer susceptibility genes in HBOC. Even though we used extended gene panels, there was still a high proportion of patients without any detectable pathogenic variant, which emphasizes the larger, unexplored genetic nature of the disease in these populations. © Copyright © 2019 Oliver, Quezada Urban, Franco Cortés, Díaz Velásquez, Montealegre Paez, Pacheco-Orozco, Castro Rojas, García-Robles, López Rivera, Gaitán Chaparro, Gómez, Suarez Obando, Giraldo, Maya, Hurtado-Villa, Sanchez, Serrano, Orduz Galvis, Aruachan, Nuñez Castillo, Frecha, Riggi, Jauk, Gómez García, Carranza, Zamora, Torres Mejía, Romieu, Castañeda, Castillo, Gitler, Antoniano, Rojas Jiménez, Romero Cruz, Vallejo Lecuona, Delgado Enciso, Martínez Rizo, Flores Carranza, Benites Godinez, Méndez Catalá, Herrera, Chirino, Terrazas, Perdomo and Vaca Paniagua.
Filiaciones:
Oliver, Javier:
Medical Oncology Service, Hospitales Universitarios Regional y Virgen de la Victoria, Institute of Biomedical Research in Malaga, CIMES, University of Málaga, Málaga, Spain
Laboratorio de Secuenciación, Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica, Hospital Italiano de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Univ Malaga, CIMES, Inst Biomed Res Malaga, Hosp Univ Reg & Virgen de la Victoria,Med Oncol S, Malaga, Spain
Hosp Italiano Buenos Aires, Inst Med Traslac & Ingn Biomed, Lab Secuenciac, Buenos Aires, DF, Argentina
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
Quezada Urban, Rosalia:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
UNAM, Fac Estudios Super Iztacala, Unidad Biomed, Tlalnepantla De Baz, Mexico
Franco Cortes, Claudia Alejandra:
Laboratorio de Secuenciación, Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica, Hospital Italiano de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Hosp Italiano Buenos Aires, Inst Med Traslac & Ingn Biomed, Lab Secuenciac, Buenos Aires, DF, Argentina
Diaz Velasquez, Clara Estela:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
Montealegre Paez, Ana Lorena:
Instituto de Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogota, Colombia
Univ El Bosque, Fac Med, Inst Nutr Genet & Metab, Bogota, Colombia
Pacheco-Orozco R.A.:
Instituto de Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogota, Colombia
Castro Rojas, Carlos:
Instituto de Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogota, Colombia
Univ El Bosque, Fac Med, Inst Nutr Genet & Metab, Bogota, Colombia
Garcia-Robles, Reggie:
Instituto de Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogota, Colombia
Univ El Bosque, Fac Med, Inst Nutr Genet & Metab, Bogota, Colombia
Lopez Rivera, Juan Javier:
Grupo INPAC, Organización Keralty, Departamento de Genética, Clínica Universitaria Colombia, Bogotá, Colombia
Clin Univ Colombia, Dept Genet, Org Keralty, Grp INPAC, Bogota, Colombia
Gaitan Chaparro, Sandra:
Grupo INPAC, Organización Keralty, Facultad de Medicina, Fundación Universitaria Sanitas, Bogotá, Colombia
Fdn Univ Sanitas, Fac Med, Org Keralty, Grp INPAC, Bogota, Colombia
Gómez A.M.:
Servicio de Genética, Hospital Universitario San Ignacio, Bogotá, Colombia
Suarez Obando, Fernando:
Servicio de Genética, Hospital Universitario San Ignacio, Bogotá, Colombia
Instituto de Genetica Humana, Facultad de Medicina, Pontificia Universidad Javeriana, Bogota, Colombia
Hosp Univ San Ignacio, Serv Genet, Bogota, Colombia
Pontificia Univ Javeriana, Fac Med, Inst Genet Humana, Bogota, Colombia
Giraldo, Gustavo:
Clínica Universitaria Bolivariana, Pontificia Universidad Bolivariana, Medellín, Colombia
Pontificia Univ Bolivariana, Clin Univ Bolivariana, Medellin, Colombia
Maya M.I.:
Clínica Universitaria Bolivariana, Pontificia Universidad Bolivariana, Medellín, Colombia
Hurtado-Villa, Paula:
Departamento Ciencias Básicas de Salud, Facultad de Ciencias de la Salud, Pontificia Universidad Javeriana Cali, Cali, Colombia
Centro Médico Imbanaco, Cali, Colombia
Pontificia Univ Javeriana Cali, Fac Ciencias Salud, Dept Ciencias Basicas Salud, Cali, Colombia
Ctr Med Imbanaco, Cali, Colombia
Sanchez A.I.:
Centro Médico Imbanaco, Cali, Colombia
Departamento Materno Infantil, Facultad de Ciencias de la Salud, Pontificia Universidad Javeriana Cali, Cali, Colombia
Serrano, Norma:
Fundación Cardiovascular de Colombia, Centro de Investigaciones, Floridablanca, Colombia
Fdn Cardiovasc Colombia, Ctr Invest, Floridablanca, Colombia
Orduz Galvis, Ana Isabel:
Fundación Cardiovascular de Colombia, Centro de Investigaciones, Floridablanca, Colombia
Fdn Cardiovasc Colombia, Ctr Invest, Floridablanca, Colombia
Aruachan, Sandra:
Departamento de Investigación y Estudios Clínicos, IMAT - Oncomédica S.A, Montería, Colombia
IMAT Oncomed SA, Dept Invest & Estudios Clin, Monteria, Colombia
Nuñez Castillo J.:
Departamento de Investigación y Estudios Clínicos, IMAT - Oncomédica S.A, Montería, Colombia
Frecha, Cecilia:
Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica, CONICET-Instituto Universitario del Hospital Italiano-Hospital Italiano de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Consejo Nacl Invest Cient & Tecn, Inst Univ Hosp Italian, Hosp Italian Buenos Aires, Inst Med Traslac & Ingn Biomed, Buenos Aires, DF, Argentina
Riggi, Cecilia:
Servicio de Ginecología, Hospital Italiano de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Hosp Italian Buenos Aires, Serv Ginecol, Buenos Aires, DF, Argentina
Jauk, Federico:
Laboratorio de Secuenciación, Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica, Hospital Italiano de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Hosp Italiano Buenos Aires, Inst Med Traslac & Ingn Biomed, Lab Secuenciac, Buenos Aires, DF, Argentina
Gomez Garcia, Eva Maria:
Centro Oncológico Estatal ISSEMyM, Toluca de Lerdo, Mexico
Ctr Oncol Estatal ISSEMyM, Toluca De Lerdo, Mexico
Carranza C.L.:
INVEGEM, Guatemala, Guatemala
Zamora, Vanessa:
INVEGEM, Guatemala, Guatemala
INVEGEM, Santa Lucia Milpas Altas, Guatemala
Torres Mejia, Gabriela:
Instituto Nacional de Salud Pública, Cuernavaca, Mexico
Inst Nacl Salud Publ, Cuernavaca, Morelos, Mexico
Romieu, Isabelle:
Instituto Nacional de Salud Pública, Cuernavaca, Mexico
Hubert Department of Global Health, Emory University, Atlanta, GA, United States
Inst Nacl Salud Publ, Cuernavaca, Morelos, Mexico
Emory Univ, Hubert Dept Global Hlth, Atlanta, GA 30322 USA
Castañeda C.A.:
Departamento de Oncologia Medica, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplasicas, Lima, Peru
Castillo, Miluska:
Departamento de Investigación, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Peru
Inst Nacl Enfermedades Neoplas, Dept Invest, Lima, Peru
Gitler, Rina:
Fundación Alma, Ciudad de México, Mexico
Fdn Alma, Ciudad De Mexico, Mexico
Antoniano, Adriana:
Fundación Alma, Ciudad de México, Mexico
Fdn Alma, Ciudad De Mexico, Mexico
Rojas Jimenez, Ernesto:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
UNAM, Fac Estudios Super Iztacala, Unidad Biomed, Tlalnepantla De Baz, Mexico
Romero Cruz, Luis Enrique:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
UNAM, Fac Estudios Super Iztacala, Unidad Biomed, Tlalnepantla De Baz, Mexico
Vallejo Lecuona, Fernando:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
UNAM, Fac Estudios Super Iztacala, Unidad Biomed, Tlalnepantla De Baz, Mexico
Delgado Enciso, Ivan:
Instituto Estatal de Cancerología de ColimaColima, Mexico
Inst Estatal Cancerol Colima, Colima, Mexico
Martinez Rizo, Abril Bernardette:
Laboratorio de Investigación Biomédica, Unidad Académica de Medicina, Universidad Autónoma de Nayarit, Tepic, Mexico
Univ Autonoma Nayarit, Unidad Acad Med, Lab Invest Biomed, Tepic, Mexico
Flores Carranza, Alejandro:
Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Inst Mexicano Seguro Social, Ciudad De Mexico, Mexico
Benites Godinez, Veronica:
Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Inst Mexicano Seguro Social, Ciudad De Mexico, Mexico
Mendez Catala, Claudia Fabiola:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
Herrera L.A.:
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto de Investigaciones Biomédicas-Instituto Nacional de Cancerología, Ciudad de México, Mexico
Chirino Y.I.:
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Terrazas L.I.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Perdomo, Sandra:
Instituto de Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogota, Colombia
Departamento de Patología, Hospital Universitario Fundación Santa Fe de Bogotá, Bogota, Colombia
Univ El Bosque, Fac Med, Inst Nutr Genet & Metab, Bogota, Colombia
Hosp Univ Fdn Santa Fe Bogota, Dept Patol, Bogota, Colombia
Vaca Paniagua, Felipe:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla de Baz, Mexico
Instituto Nacional de Cancerología, Ciudad de México, Mexico
Fac Estudios Super Iztacala, Lab Nacl Salad Diagnost Mol & Efecto Ambiental En, Tialnepantla De Baz, Mexico
UNAM, Fac Estudios Super Iztacala, Unidad Biomed, Tlalnepantla De Baz, Mexico
Inst Nacl Cancerol, Ciudad De Mexico, Mexico
Pontificia Univ Javeriana Cali, Fac Ciencias Salud, Dept Materno Infant, Cali, Colombia
Inst Nacl Enfermedades Neoplas, Dept Oncol Med, Lima, Peru
Inst Nacl Cancerol, Inst Invest Biomed, Unidad Invest Biomed Canc, Ciudad De Mexico, Mexico
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