Predicting Human miRNA-like Sequences within Human Papillomavirus Genomes
Por:
Gutiérrez D.A., Varela-Ramírez A., Rodríguez-Esquivel M., Mendoza-Rodríguez M.G., Ayala-Sumuano J.T., Pineda D., Garrido-Guerrero E., Jiménez-Vega F., Aguilar S., Quiñones M., Nambo M.J., Chávez-Olmos P., Taniguchi-Ponciano K., Marrero-Rodriguez D., Romero-Morelos P., Castro J.P., Bandala C., Carrillo-Romero A., González-Yebra B., Salcedo M.
Publicada:
1 jul 2018
Ahead of Print:
1 ene 2018
Categoría:
Medicine (miscellaneous)
Resumen:
Background. This study presents a prediction of putative miRNA within
several Human Papillomavirus (HPV) types by using bioinformatics tools
and a strategy based on sequence and structure alignment. Currently,
little is known about HPV miRNAs.
Methods. Computational methods have been widely applied in the
identification of novel miRNAs when analyzing genome sequences. Here,
ten whole-genome sequences from HPV-6, -11, -16, -18, -31, -33, -35,
-45, -52, and -58 were analyzed. Software based on local contiguous
structure-sequence features and support vector machine (SVM), as well as
additional bioinformatics tools, were utilized for identification and
classification of real and pseudo microRNA precursors.
Results. An initial analysis predicted 200 putative pre-miRNAs for all
the ten HPV genome variants. To derive a smaller set of pre-miRNAs
candidates, stringent validation criteria was conducted by applying <-10
Delta G value (Gibbs Free Energy). Thus, only pre-miRNAs with total
scores above the cut-off points of 90% were considered as putative
pre-miRNAs. As a result of this strategy, 19 pre-miRNAs were selected
(hpv-pre-miRNAs). These novel pre-miRNAs were located in different
clusters within HPV genomes and some of them were positioned at splice
regions. Additionally, the 19 identified pre-miRNAs sequences varied
between HPV genotypes. Interestingly, the newly identified miRNAs, 297,
27b, 500, 501-5, and 509-3-5p, were closely implicated in carcinogenesis
participating in cellular longevity, cell cycle, metastasis, apoptosis
evasion, tissue invasion and cellular growth pathways.
Conclusions. The novel putative miRNAs candidates could be promising
biomarkers of HPV infection and furthermore, could be targeted for
potential therapeutic interventions in HPV-induced malignancies. (C)
2018 IMSS. Published by Elsevier Inc.
Filiaciones:
Gutiérrez D.A.:
Laboratorio de Biotecnología, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad Autónoma de Ciudad Juárez, Ciudad Juárez, Chihuahua, Mexico
The Cytometry, Screening and Imaging Core Facility, Border Biomedical Research Center, Department of Biological Sciences, the University of Texas at El Paso, El Paso, TX, United States
Varela-Ramírez A.:
The Cytometry, Screening and Imaging Core Facility, Border Biomedical Research Center, Department of Biological Sciences, the University of Texas at El Paso, El Paso, TX, United States
Rodríguez-Esquivel M.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Programa Nanociencias y Micronanotecnologías, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Ciudad de México, Mexico
Mendoza-Rodríguez M.G.:
Unidad de Investigación en Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, Estado de México, Mexico
Ayala-Sumuano J.T.:
Unidad de Investigación en Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Universidad Nacional Autónoma de México, Tlalnepantla, Estado de México, Mexico
Pineda D.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Departamento de Genética y Biología Molecular, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Ciudad de México, Mexico
Garrido-Guerrero E.:
Departamento de Genética y Biología Molecular, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Ciudad de México, Mexico
Jiménez-Vega F.:
Laboratorio de Biotecnología, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad Autónoma de Ciudad Juárez, Ciudad Juárez, Chihuahua, Mexico
Aguilar S.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Quiñones M.:
Laboratorio de Biotecnología, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad Autónoma de Ciudad Juárez, Ciudad Juárez, Chihuahua, Mexico
Nambo M.J.:
Servicio de Hematología y Trasplantes de Médula Ósea, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Chávez-Olmos P.:
Departamento de Genética y Biología Molecular, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Ciudad de México, Mexico
Taniguchi-Ponciano K.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Programa Nanociencias y Micronanotecnologías, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Ciudad de México, Mexico
Marrero-Rodriguez D.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Romero-Morelos P.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Programa Nanociencias y Micronanotecnologías, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Ciudad de México, Mexico
Castro J.P.:
Coordinación de Unidades Médicas de Alta Especialidad, Dirección de Prestaciones Médicas, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
Bandala C.:
División de Neurociencias, Instituto Nacional de Rehabilitación, Secretaría de Salud, Ciudad de México, Mexico
Carrillo-Romero A.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
González-Yebra B.:
Departamento de Medicina y Nutrición, División de Ciencias de la Salud, León, Guanajuato, Mexico
Salcedo M.:
Laboratorio de Oncología Genómica, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Oncológicas, Unidad Médica de Alta Especialidad, Hospital de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
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