Comprehensive analysis of germline variants in mexican patients with hereditary breast and ovarian cancer susceptibility
Por:
Urban R.Q., Velásquez C.E.D., Gitler R., Castillo M.P.R., Toporek M.S., Morales A.F., García O.M., Esquivel L.G., Mejía G.T., Dean M., Enciso I.D., López H.O.D., León F.R., Jan V., Barrientos V.H.G., Flores P.R., Silva P.K.E., Cruz J.H.S., Gregorio H.M., Jiménez E.A.R., Cruz L.E.R., Catalá C.F.M., Gómez R.M.Á., Ontiveros V.F., Herrera L.A., Romieu I., Terrazas L.I., Chirino Y.I., Frecha C., Oliver J., Perdomo S., Paniagua F.V.
Publicada:
1 oct 2018
Resumen:
Hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC) represents 5–10% of all patients with breast cancer and is associated with high-risk pathogenic alleles in BRCA1/2 genes, but only for 25% of cases. We aimed to find new pathogenic alleles in a panel of 143 cancer-predisposing genes in 300 Mexican cancer patients with suspicion of HBOC and 27 high-risk patients with a severe family history of cancer, using massive parallel sequencing. We found pathogenic variants in 23 genes, including BRCA1/2. In the group of cancer patients 15% (46/300) had a pathogenic variant; 11% (33/300) harbored variants with unknown clinical significance (VUS) and 74% (221/300) were negative. The high-risk group had 22% (6/27) of patients with pathogenic variants, 4% (1/27) had VUS and 74% (20/27) were negative. The most recurrent mutations were the Mexican founder deletion of exons 9-12 and the variant p.G228fs in BRCA1, each found in 5 of 17 patients with alterations in this gene. Rare VUS with potential impact at the protein level were found in 21 genes. Our results show for the first time in the Mexican population a higher contribution of pathogenic alleles in other susceptibility cancer genes (54%) than in BRCA1/2 (46%), highlighting the high locus heterogeneity of HBOC and the necessity of expanding genetic tests for this disease to include broader gene panels. © 2018 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.
Filiaciones:
Urban R.Q.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Velásquez C.E.D.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Gitler R.:
Fundación Alma, CDMX, 11560, Mexico
Castillo M.P.R.:
Fundación Alma, CDMX, 11560, Mexico
Toporek M.S.:
Fundación Alma, CDMX, 11560, Mexico
Morales A.F.:
Fundación Alma, CDMX, 11560, Mexico
García O.M.:
Fundación Alma, CDMX, 11560, Mexico
Esquivel L.G.:
Fundación Alma, CDMX, 11560, Mexico
Mejía G.T.:
Instituto Nacional de Salud Pública, Cuernavaca, Morelos 62100, Mexico
Dean M.:
Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, Bethesda, MD 20892, United States
Enciso I.D.:
Instituto Estatal de Cancerología de Colima, Colima, Colima 28000, Mexico
López H.O.D.:
Department of Health, El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), San Cristóbal de Las Casas, Chiapas 29290, Mexico
León F.R.:
Department of Health, El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), San Cristóbal de Las Casas, Chiapas 29290, Mexico
Jan V.:
Internal Medicine, Hospital de Especialidades Vida Mejor, ISSTECH, Tuxtla Gutiérrez, Chiapas 29040, Mexico
Barrientos V.H.G.:
Hospital General de Chilpancingo, Chilpancingo de los Bravo, Guerrero 39019, Mexico
Flores P.R.:
Centro de Investigación Biomédica, Universidad Autónoma de Coahuila, Torreón, Coahuila 27000, Mexico
Silva P.K.E.:
Centro de Investigación Biomédica, Universidad Autónoma de Coahuila, Torreón, Coahuila 27000, Mexico
Cruz J.H.S.:
Centro de Investigación Biomédica, Universidad Autónoma de Coahuila, Torreón, Coahuila 27000, Mexico
Gregorio H.M.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Jiménez E.A.R.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Cruz L.E.R.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Catalá C.F.M.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Gómez R.M.Á.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Ontiveros V.F.:
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Herrera L.A.:
Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto de Investigaciones Biomédicas-Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Romieu I.:
Center for Center for Research on Population Health, National Institute of Public Health, Cuernavaca, Morelos 62100, Mexico
Hubert Department of Global Health, Emory University, Atlanta, GA 30322, United States
Terrazas L.I.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Chirino Y.I.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Frecha C.:
Hospital Italiano, Buenos Aires, C1199ABB, Argentina
Oliver J.:
Hospital Italiano, Buenos Aires, C1199ABB, Argentina
Perdomo S.:
Investigación en Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogotá, 110121, Colombia
Department of Pathology and Laboratories, Hospital Universitario Fundación Santa Fe de Bogotá, Bogotá, 110100, Colombia
Paniagua F.V.:
Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
Instituto Nacional de Cancerología, CDMX, 14080, Mexico
Unidad de Biomedicina, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
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