Deep multi-OMICs and multi-tissue characterization in a pre-and postprandial state in human volunteers: The GEMM family study research design
Por:
Bastarrachea R.A., Laviada-Molina H.A., Nava-Gonzalez E.J., Leal-Berumen I., Escudero-Lourdes C., Escalante-Araiza F., Peschard V.-G., Veloz-Garza R.A., Haack K., Martínez-Hernández A., Barajas-Olmos F.M., Molina-Segui F., Buenfil-Rello F.A., Gonzalez-Ramirez L., Janssen-Aguilar R., Lopez-Muñoz R., Perez-Cetina F., Gaytan-Saucedo J.F., Vaquera Z., Cornejo-Barrera J., Castillo-Pineda J.C., Murillo-Ramirez A., Diaz-Tena S.P., Figueroa-Nuñez B., González-López L., Salinas-Osornio R.A., Valencia-Rendón M.E., Ángeles-Chimal J., Tapia J.S.-O., Remes-Troche J.M., Valdovinos-Chavez S.B., Huerta-Avila E.E., Han X., Orozco L., Rodriguez-Ayala E., Weintraub S., Gallegos-Cabrales E.C., Cole S.A., Kent J.W., Jr.
Publicada:
1 ene 2018
Resumen:
Cardiovascular disease (CVD) and type 2 diabetes (T2D) are increasing worldwide. This is mainly due to an unhealthy nutrition, implying that variation in CVD risk may be due to variation in the capacity to manage a nutritional load. We examined the genomic basis of postprandial metabolism. Our main purpose was to introduce the GEMM Family Study (Genetics of Metabolic Diseases in Mexico) as a multi-center study carrying out an ongoing recruitment of healthy urban adults. Each participant received a mixed meal challenge and provided a 5-hours’ time course series of blood, buffy coat specimens for DNA isolation, and adipose tissue (ADT)/skeletal muscle (SKM) biopsies at fasting and 3 h after the meal. A comprehensive profiling, including metabolomic signatures in blood and transcriptomic and proteomic profiling in SKM and ADT, was performed to describe tendencies for variation in postprandial response. Our data generation methods showed preliminary trends indicating that by characterizing the dynamic properties of biomarkers with metabolic activity and analyzing multi-OMICS data it could be possible, with this methodology and research design, to identify early trends for molecular biology systems and genes involved in the fasted and fed states. © 2018 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.
Filiaciones:
Bastarrachea R.A.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Laviada-Molina H.A.:
Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida, 97300, Mexico
Nava-Gonzalez E.J.:
Facultad de Salud Pública y Nutrición (FASPyN), UANL, Monterrey, 64460, Mexico
Leal-Berumen I.:
Facultad de Medicina y Ciencias Biomédicas, Universidad Autónoma de Chihuahua, Chihuahua, 31125, Mexico
Escudero-Lourdes C.:
Facultad de Ciencias Químicas, Universidad Autónoma de San Luis Potosí, San Luis Potosí, 78240, Mexico
Escalante-Araiza F.:
Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac Norte, Lomas Anahuac, 52786, Mexico
Peschard V.-G.:
Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac Norte, Lomas Anahuac, 52786, Mexico
Veloz-Garza R.A.:
Facultad de Enfermería, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL), Monterrey, 64460, Mexico
Haack K.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Martínez-Hernández A.:
Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Ciudad de México, C.P. 14610, Mexico
Barajas-Olmos F.M.:
Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Ciudad de México, C.P. 14610, Mexico
Molina-Segui F.:
Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida, 97300, Mexico
Buenfil-Rello F.A.:
Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida, 97300, Mexico
Gonzalez-Ramirez L.:
Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida, 97300, Mexico
Janssen-Aguilar R.:
Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida, 97300, Mexico
Lopez-Muñoz R.:
Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida, 97300, Mexico
Perez-Cetina F.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Gaytan-Saucedo J.F.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Vaquera Z.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Cornejo-Barrera J.:
Departamento de Enseñanza, Hospital Infantil de Tamaulipas, Ciudad Victoria, 87150, Mexico
Castillo-Pineda J.C.:
Departamento de Nutrición Humana, Universidad Latina de América, Morelia, Michoacán 58170, Mexico
Murillo-Ramirez A.:
Departamento de Nutrición Humana, Universidad Latina de América, Morelia, Michoacán 58170, Mexico
Diaz-Tena S.P.:
Departamento de Nutrición Humana, Universidad Latina de América, Morelia, Michoacán 58170, Mexico
Figueroa-Nuñez B.:
Clínica de Enfermedades Crónicas y Procedimientos Especiales (CECYPE), Morelia, 58249, Mexico
González-López L.:
Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA), Zapopan, Jalisco 45050, Mexico
Salinas-Osornio R.A.:
Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA), Zapopan, Jalisco 45050, Mexico
Valencia-Rendón M.E.:
Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA), Zapopan, Jalisco 45050, Mexico
Ángeles-Chimal J.:
Facultad de Medicina, Universidad Autónoma Estado de Morelos, Cuernavaca, 62209, Mexico
Tapia J.S.-O.:
Facultad de Medicina, Universidad Autónoma Estado de Morelos, Cuernavaca, 62209, Mexico
Remes-Troche J.M.:
Instituto de Investigaciones Médico-Biológicas, Universidad Veracruzana, Veracruz, 91700, Mexico
Valdovinos-Chavez S.B.:
Facultad de Enfermería, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL), Monterrey, 64460, Mexico
Huerta-Avila E.E.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Han X.:
Department of Medicine, Sam and Ann Barshop Institute for Longevity and Aging Studies, University of Texas Health San Antonio, San Antonio, TX 78229, United States
Orozco L.:
Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Ciudad de México, C.P. 14610, Mexico
Rodriguez-Ayala E.:
Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac Norte, Lomas Anahuac, 52786, Mexico
Weintraub S.:
Department of Biochemistry, University of Texas Health Science Center, San Antonio, TX 78229, United States
Gallegos-Cabrales E.C.:
Facultad de Enfermería, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL), Monterrey, 64460, Mexico
Cole S.A.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Kent J.W.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
Jr.:
Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, United States
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